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台灣與中國一直以來被認為位在新興傳染病出現的熱區，世界衛生組織於 2018 年底更提出警告，需提防未知疾病（disease X）出現與流行。果不其然，今年的新冠疫情正是從中國爆發。感染症領域專家表示，「知己知彼」才能戰勝病毒，在未來，檢測病原的速度會是掌握疫情的一大關鍵。
疾管署署長周志浩於 2020 年 7 月參加感染症醫學年會分享台灣抗疫經驗，他指出，官民配合、做到超前部署，是台灣防疫成功的關鍵。面對傳染性疾病，快速找出病原，也是「超前部署」的重要環節。
目前，包括美國等多個國家都在使用「 mNGS 病原高通量基因定序的技術」，能快速幫助醫師快速認清楚「敵人是誰」，準確率更盛傳統技術，對於分秒必爭的傳染性疾病來說，尤其可貴。
mNGS檢測新冠病毒，省下的時間有攸關生命
台中榮民總醫院感染科主任劉伯瑜指出，面對新興病原以及未知感染疾病威脅，過去如嚴重急性呼吸道症候群 (SARS) 、伊波拉病毒 (Ebola) 等，光是鑑定病原就得花上半年時間，使防疫難度大增。
「舉SARS為例，當時科學家花了好幾個月的時間，才確認了感染來自一種新型的冠狀病毒，而這幾個月的時間就被耽誤了。」劉伯瑜表示，當時最重要的檢測方式是病毒培養跟一些基本的PCR技術，所以需要比較久的時間跟繁瑣的過程。
而近年來新興的的mNGS原理，就是直接在臨床的檢體中，偵測裡面的非人類DNA的序列，再去做基因定序。之後經過生物資訊比對，找出潛在的感染病原。
「平均來說，這樣的技術可以縮減 2/3 的時間。」劉伯瑜表示，感染性的疾病惡化往往只是一瞬間，省下的每一分鐘，都攸關生命。現階段，中國大陸、美國、英國、德國、法國都已經將這個最新技術應用於新冠病人的檢測。
NGS檢測技術不限於「人」，敗血症、肺炎感染疾病都能用
NGS目前還不是大家所熟悉的名詞，劉伯瑜特別解釋，NGS就是一種基因定序技術，全文是次世代定序技術，這個技術可以用在很多不同的定序上面。「而前面的m指的是metagenomic，就是總體基因定序。也就是說，mNGS是用NGS這個平台，去做總體基因定序這件事情。」
「過去，我們對基因定序的印象，是透過檢測『人』的基因，輔助用藥、篩檢等用途。但是現在，透過 mNGS 技術，可精準地透過定序、比對出『病原』的基因，找出躲在體內的感染病原。」劉伯瑜表示。
總體基因定序可以用的地方非常廣泛，就感染科來講，除了病毒以外，還有細菌、黴菌、寄生蟲，都是mNGS偵測的對象。因此，劉伯瑜指出，不只是新冠病毒，像是引發敗血症、肺炎等的病原，過去的技術可能沒有能力快速找出，但是mNGS就是個新契機。
mNGS比傳統檢測找出超過 2 倍可能病原
近日，台灣首次 mNGS 技術應用於不同檢體 (如：肺泡灌洗液、血液、組織液等)的 臨床結果，於 2020 年感染症醫學年會公布。結果指出，透過 mNGS 技術找到的疑似病原，不但可以涵蓋近 9 成傳統檢測結果，比起傳統檢測，mNGS 找出了超過 2 倍的可能致病微生物。
也就是說，mNGS 病原高通量基因定序可提供臨床醫師更詳細、全面的感染資訊，有機會為患者爭取更多可能。「我們可以期待，新型的檢測方式，能將醫療效率提升至新的高度。」劉伯瑜表示。未來，醫師與病人在面對傳染病時，將會有更多「超前部署」的機會，戰勝疾病。
文/林以璿 圖/林以璿
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