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校園已開始施打 BNT 疫苗，心肌炎問題始終外界關注的重要焦點，多數心肌炎都出年輕的男性身上，尤其是在接種第二劑疫苗後，為了避免心肌炎問題，如今指揮中心透露會讓成人優先接種第二劑，觀察情況後再讓學生接種第二劑。
國內從 9 月 22 日開始對學生族群接種 BNT 疫苗，發言人莊人祥指出：「昨天有 5 個縣市為學生接種 BNT 疫苗共 8822 劑，包含新北、桃園、台北、台南，而今天有 12 個縣市於今天開始為學生接種。」
由於從國外的經驗看起來， BNT 疫苗可能引發心肌炎或心包膜炎副作用，有專家建議先讓打一劑 BNT 疫苗就好，對此，莊人祥回應：「目前先讓國高中生打一劑 BNT 疫苗，通常第一劑接種後心肌炎發生率非常低，多數心肌炎發生在第二劑接種後，而且大多發生於年輕男性，會再持續觀察。」
也為了因應學生出現心肌炎的問題，指揮中心擬定之後 BNT 疫苗第二劑會優先給成年人先接種，第二劑至少第一劑要間隔 6 週，觀察成年人接種的情況後再讓學生接種第二劑。
另外，外傳明天將有一批客製化標籤的 BNT 要到貨，但指中心尚未證實，發言人莊人祥表示：「若有 BNT 疫苗到貨就會對外說明，而這批到貨後預計提供給第十期開打，先開放第九類 40 歲以下，若疫苗數量足夠，會再從 64 歲往下開放。」
國內從今年三月開始打疫苗，將近半年的時間下，疫苗覆蓋率終於來到 50.16 ％、劑次人口比為 57.95，代表全台有半數的民眾已經接種過至少一劑疫苗。
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