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由於高端疫苗終於通過 EUA，後續能否穩定生產也引發關注，但一度傳出高端疫苗超過 8 成被食藥署退貨，對此，食藥署署長吳秀梅則否認這樣的說法，也強調疫苗進行批量放大過程中，製程、設備可能會產生一定範圍差異性，後續 50 L 製程生產之產品已證明與 2 L 製程特性分析具一致性，82% 成品遭退貨並非事實。
根據《中國時報》報導指出，高端要將疫苗產能擴大時，卻出現在擴大產能的情況下導致數據偏差太多，結果疫苗高達 8 成被退貨，實際求證食藥署署長吳秀梅，他則回應：「那是錯誤的資訊。」
食藥署指出：「疫苗進行批量放大過程中，因製程、設備等因素可預期會產生一定範圍之差異性，此為所有藥品製程放大中可能發生的。」目前高端公司之 50 L 製程抗原，除前兩批次修飾化程度較 2 L 製程抗原稍高，因此要進行製程放大比較測試等作業，後續 50 L 製程生產之產品已證明與 2 L 製程特性分析具一致性，
外界指出高端只能實驗室生產，大量生產品質不穩定等說法，稍早高端疫苗也緊急發出聲明指出：「疫苗從關鍵原物料生產、到檢測放行，不但規格嚴謹、項目繁多、且耗時長。從最前端的入料檢驗、製程中管控、到最終端成品放行，須完成超過百項嚴謹檢驗，始可放行。」
高端強調：「抗原產能遠高於媒體報導臆測之數值，抗原庫存量也大於目前國內採購規劃之500萬目標數量，且均符合放行規格。後續將按供貨時程進行疫苗成品充填出貨。」
但明明已經通過 EUA 的疫苗為什麼在量產生會出現「不良率」的問題？台大藥學系梁碧惠教授解釋：「這樣的情況很常見的，生物的產品在製程放大的過程中，比如說本來是兩公升放大十倍或是放大兩倍，得到的結果就不一樣，所以在 FDA 蠻多這種例子。」
梁碧惠進一步解釋：「所有蛋白質藥物、疫苗會要求他氨基酸的序列一模一樣，分析的分子量要多少而且量要相對，雖然蛋白質物藥很純相對安全、品質可以控制，如果未來有問題也追得到是哪個氨基酸的問題，但他問題就是量產也相對辛苦。」
但這一次因為疫情影響，高端也很急著量產，梁碧惠強調：「一個蛋白要的發展時間是很長的，必須要做確校要有三批，三批要有一樣的結果，這次就是有出問題，等於就是重做找出問題，再一次啟動新的確校。」
即使高端通過國內的 EUA，專家坦言：「後續生產以及製造仍是一大考驗」，指揮中心也尚未公布對於國產疫苗未來該如何運用，恐怕國產疫苗之路還有很多問題需要克服。
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